Bienvenue,
Intéressé de connaitre sur quel JdR tu fais jouer. Et comme nous sommes curieux, ton historique rôlistique permettra de voir les jeux que nous avons en commun.
Etre MJ et préparer un scénario ou même le créer demande un gros investissement. Jouant ou masterisant sur des parties en lignes tant par forum (en textuel), par VTT ou même encore occasionnellement, le retour des MJ est le même . Préparer reste chronophage. En partie par VTT, le délais est souvent de 2 semaines entre chaque aventure, le temps que le MD se retourne (il a un métier et une famille à côté du JdR).
Pour répondre sur le PJ ou PNJ, la profondeur qu'on lui donne en background dépend d'une part de type de JdR. Pratiquer du PMT façon D&D c'est pas les mêmes relations dans la profondeur que pour Vampire la Mascarade. Pour du PMT, la profondeur c'est celle sous le sol

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Ensuite, c'est toi en tant que MJ qui sais où tu veux mener le groupe et comment tu envisages les interactions.
Les sbires sont de la chair à canon, donc leur donner de la profondeur est AMHA totalement inutile.
Il me semble effectivement nécessaire de préparer un peu plus les PNJ principaux. Ceux que le groupe côtoiera au quotidien ou les adversaires récurrents.
Il s'agit de définir leurs motivations, leurs fidélités, leur objectif. Le reste viendra naturellement pour le jouer et il sera temps d'ajouter des détails au gré des parties.
C'est au gré des partie que des liens peuvent se noueur entre un PNJ et des PJ. Généralement, c'est par le biais de services rendus.
Par exemple, un marchant/receleur qui achète les produits des pillages du groupe pourrait occasionnellement leur offrir un cadeau, façon potions en med fan. Ca entretient les bonnes relations commerciales. Et les PJ seront motivés le jour où le marchand demandera un service personnel. C'est un application de la socio-psychologie au commerce. Le marchand aura rendu les PJ redevables par ses cadeaux.
Ce peut aussi être un mécène qui héberge le groupe quand il est de passage en ville.
Créer des liens entre PJ et PNJ devrait se faire naturellement. C'est toujours mieux quand cela fait suite à l’interaction d'un joueur. Il est toujours plus difficile d'introduire un traitre dans un groupe quand c'est le MJ qui force sa présence. Les joueurs vétérans s'étant déjà fait avoir sont souvent prudents. Mais quand ce sont eux qui font entrer le loup dans la bergerie, c'est que du bonheur pour le MJ.
Attention au piège du PNJ super badass qui pourrait supplanter le rôle des PJ et les placer tous en second rôles. Un MJ fait jouer un groupe de PJ et non ses PNJ favoris.
Restituer une ambiance à la GoT est compliqué à mettre en place. Possible, mais compliqué.
Il sera plus facile d'argumenter une réponse quand nous saurons pour quel jeu porte ta question.